Em 2006, um voto de confiança da diretoria: Clemer se tornou o titular absoluto, André deixou o clube e Marcelo se tornou o primeiro goleiro reserva. Clemer foi o titular do time na conquista da Libertadores da América.

Ele alternou falhas não-decisivas, como no jogo contra o Maracaibo, Pumas (3 gols em dois jogos!) e Nacional (2º fase) com atuações fabulosas contra a LDU no Beira-Rio e Libertad (também nos dois jogos!).

Curioso ou não, a única derrota colorada naquela campanha foi o jogo que Clemer não atuou: 2×1 para a LDU no Equador na qual o goleiro reserva Marcelo Boeck falhou bastante, inclusive nos gols.

Clemer teve uma atuação impecável na primeira partida das finais da Libertadores. No jogo de volta, errou no 2º gol de empate do Tricolor Paulista na decisão da Libertadores. Fato compensado por grandes defesas no primeiro tempo, inclusive uma que evitou a prorrogação em cabeçada do atacante Alex Dias. Com justiça, Clemer era o goleiro campeão da América.

No Brasileirão foi bem até a reta final, quando sofreu lesão muscular. Seu reserva já era Renan (que havia ganhado a posição de Marcelo), e este ficou oito jogos sem tomar gols, recorde do clube na competição.

No Mundial, Clemer estava sem ritmo e vinha de três falhas contra o Goiás, última rodada do Brasileirão. Errou no último jogo antes do Mundial (3 falhas contra o Goiás na rodada final do Brasileiro 2006), errou no gol contra o Al-Ahly nas semifinais, mas também fez duas grandes defesas neste mesmo jogo. Na decisão contra o Barcelona, foi impecável. Contra todos os críticos, Clemer era CAMPEÃO DO MUNDO.

Em 2007, Clemer voltou ao time titular e não esteve bem. Falhou em todos os jogos da Libertadores, em gols que custaram caro ao Colorado (eliminado no saldo de gols). No Gauchão, foi igualmente mal e falhou no gol que eliminou o time perante o Veranópolis.

No Brasileirão, Renan começou como titular mas não foi bem. Clemer reclamou publicamente da reserva e tanto fez fora do time que voltou ao time a ponto de jogar muito bem na Recopa Sul-Americana e conquistar mais um título. No Brasileirão, começou a dar sinais da idade: lentidão na saída de gol, erros consecutivos em cruzamentos. Foram várias falhas seguidas.

A pressão aumentou e Renan começava a se mostrar inquieto. A direção agiu bem e confirmou o jovem arqueiro como titular, renovando o contrato de Clemer por mais 12 meses sob a indicação de que ele seria reserva e reduziria salários.

Clemer pareceu conformado, ciente de que Renan seria o goleiro na Seleção Olímpica, convocado várias vezes e que, afinal, a idade estava chegando. Porém Renan acabou vendido para o Valencia, deixando a diretoria colorada em uma questão importante: apostar em Clemer e buscar reforços em outras posições, ou imediatamente trazer uma reposição.

O resultado foram as falhas grotescas contra Vasco e Coritiba, e erros menores em outros jogos que geraram críticas, piadas e acima de tudo, desconfiança da torcida.

Páre, Clemer! Para que a imagem que fique eternamente para os torcedores sejam estas:

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